Politeknik Pertanian Negeri Pangkep didirikan tahun 1986. Pada awal pendiriannya, masih merupakan bagian dari Universitas Hasanuddin (UNHAS). Politeknik pertanian dengan bidang kajian utama bidang perikanan yang terletak 83,5 km sebelah Utara kota Makassar ini mengelola lima program studi yaitu Budidaya Perikanan, Penangkapan Ikan, Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan, Budidaya Tanaman Perkebunan, dan Agribisnis Perikanan. Sejak tahun 2008 telah dirintis pendirian program studi Agroindustri jenjang Diploma IV bersama dengan 5 (lima) Politeknik lainnya.

Politeknik ini yang pada awal pendiriannya hanya memiliki kajian utama bidang perikanan mulanya masih merupakan bagian dari Universitas Hasanuddin, yang didirikan berdasarkan Surat Keputusan Mendiknas Nomor: 0124/U/1987, dengan nama Politeknik Pertanian Universitas Hasanuddin (disingkat Politani UNHAS), yang terdiri atas dua program studi, yaitu Program studi Budidaya Perikanan dan Program studi Teknologi Penangkapan Ikan. Pada tahun 1997, politeknik yang memiliki luas kampus lebih dari 20 ha ini mulai mandiri dengan adanya Surat Keputusan Mendikbud Nomor : 083/O/1997 yang menetapkan kemandirian Politeknik Pertanian UNHAS untuk tidak lagi berada di bawah naungan universitas, tetapi berdiri sendiri sebagai sebuah institusi setingkat perguruan tinggi. Pada tanggal 26 Juni 1998, Politeknik Pertanian UNHAS secara resmi berdiri sendiri dan berganti nama menjadi Politeknik Pertanian Negeri Pangkajene dan Kepulauan.